Mit speziellen Programmen läßt sich die Festplatte defragmentieren, so daß die Daten wieder optimal plaziert und ausgelesen werden können. Die Daten stehen dann jeweil in Datenblöchen zusammen und die Fragmente liegen nicht mehr verstreut auf der Festplatte.
Die meisten Programme lassen unterschiedliche Defragmentierungsmethoden zu. Die wichtigsten sind die Datei-Defragmentierung und die vollständige Defragmentierung.
Bei der Datei-Defragmentierung werden alle Dateien auf der Festplatte defragmentiert. Der freie Festplattenspeicher wird jedoch nicht verändert. Hier ist der erforderliche Zeitaufwand gering.
Bei der vollständigen Defragmentierung werden auch die freien Sektoren zusammengefaßt, was eigentlich nur dann erforderlich ist, wenn eine Datei oder ein Programm unbedingt freien, zusammenhängenden Festplattenspeicherplatz benötigt.
Zusätzlich können noch die Dateien auf der Festplatte neu geordnet werden. Sie liegen anschließend nach Verzeichnissen und Sortierreihenfolge geordnet auf der Festplatte vor.